Efectivamente lo que dices es cierto. Los gobiernos pueden ver a Bitcoin como una forma de evadir impuestos por parte de comercios, empresas e individuos y por lo tanto pueden tener incentivos para prohibir la aceptación de Bitcoin. 

Por ahora el tamaño de la base monetaria de Bitcoin es muy pequeño. 

Prohibir Bitcoin es casi imposible desde el punto de vista técnico, por las características de Bitcoin. Por lo tanto prohibir su uso como depósito de valor, para individuos, es casi imposible (tengo algunos de mis ahorros en Bitcoin y el gobierno nunca se podrá enterar :-)

Prohibir Bitcoin como medio de pago es mas factible. Mientras mas reguladas estén las entidades, mas posible será. Bancos y entidades financieras pueden ser mas fáciles de regular. 

Algunos gobiernos ya se están preparando para prohibir Bitcoin como medio de cambio. Otros lo verán como algo bueno para sus ciudadadanos, como mayores beneficios que costos tributarios. Los beneficios son una mayor eficiencia de la economía en general. Tener un sistema descentralizado y seguro de pagos y depósito de valor puede ser una oportunidad mas que una amenza. 

Además, que una empresa tenga o reciba Bitcoin no necesariamente significa que esto no esté declarado, como sucede con el dinero en billetes. 

Otro fenómeno que se da, es que muchos de los que están arriba de la pirámide distributiva (y con mayor influencia poítica) tienen enormes sumas invertidas en Bitcoin. 

Si se prohibe la aceptación de Bitcoin (en realidad, ahora no se permite ), siempre podrá haber un "middleman" que reciba bitcoin a cambio de dinero corriente. 

Algunos países como Vietnam o Bangladesh prohibieron Bitcoin por estar asociado con negocios ilíticos. Rusia dice que hay que regular Bitcoin. La IRS de USA dijo que Bitcoin debe ser considerado un activo (hay que pagar impuestos). Existen exchangers de Bitcoin regulados gubernamentalmente, como Coinbase que está aprobada para operar en USA. 

Creo que los gobiernos están buscado mas que nada controlar Bitcoin antes que prohibirlo. Si lo prohiben estarán incentivando mas su tenencia y su uso ilegal. Además de que algunos negocios se vallan a países donde no esté prohibido.

Si lo logran controlar efectivamente, tendrán acceso a una base impositiva mas amplia, además de poder regular muchas empresas localmente. Bitcoin no es anónimo, lo cual puede llevar a muchas empresas reguladas a proveer información sobre clientes que pagaron con Bitcoin, al gobierno.