Estimado:
La Factura C no genera crédito fiscal para un responsable inscripto en IVA; por lo tanto el "precio" del IVA para el inscripto, pasa a ser un costo ( si es que lo puede trasladar al precio de venta) o una pérdida (si no lo puede trasladar).
Interpreto le quedan dos opciones: 1) Realizarle un descuento (recuerde que la alicuota general del IVA es del 21%). 2) Usted categorizarse en el régimen general; esto es inscribirse en IVA y ganancias.
Cabe mencionar que su cliente puede deducir en concepto de impuestos a las ganancias la totalidad del monto por usted facturado; siempre que: a) Hallan existido igual o más de 9 facturas emitidas en un mismo período fiscal (en concepto de venta de servicios), b) hallan existido igual o más de 23 facturas emitidas en un mismo período fiscal (en concepto de venta de bienes).
Saludos.