Saimon, sí tenés que pagar IVA y Ganancias si la actividad que desarrollás está alcanzada, el hecho que el cliente esté exento en IVA significa solamente que le vas a emitir comprobante "B" y donde no se discrimina el IVA pero eso no quiere decir que no se lo estés cobrando.
Cualquier duda a disposición.